1、抑菌、抗癌作用微波能抑制细菌及癌细胞的DNA、RNA和蛋白质的合成:激活溶酶体，紊乱癌细胞骨架排列，导致癌细胞破坏;增强巨噬细胞和T细胞吞噬能力，提高免疫力，从而达到抑菌、抗菌作用。
2、对炎症的作用微波的消炎作用机理，在炎症的不同阶段有很大的差异，微波辐射功率决定它的消炎作用机理。炎症的发展与致炎介质的作用有关，在致炎介质的作用下，微血管损伤，渗透性升高。
在急性炎症阶段，炎症病灶致炎介质含量增加，微血管功能紊乱，管壁通透性升高。在低功率微波辐射作用下，炎症病灶致炎介质含量降低，微血管通透性降低，从而抑制炎症发展。
微波的消炎作用机理中，对机体免疫功能紊乱的作用具有决定性的意义。这是借助作用于垂体一肾上腺皮质系统，引起血中促肾上腺皮质激素和糖皮质激素水平升高，产生明显的免疫低下和消炎作用。微波消炎作用的基础是对炎症过程的抑制，以及对适应系统的激活、对修复过程的刺激。
3、对心血管系统的作用治疗功率的微波辐射对心脏有拟迷走神经的作用，同时能改善冠状动脉血液循环。微波照射后，组织温度升高，血管迅速扩张，血液循环增强，血流速度加快。
4、对神经系统的作用低功率、短时间的微波照射能加强大脑兴奋过程，大功率、长时间的微波照射则增强抑制过程。微波对植物神经的作用有拟迷走神经的作用，会引起心率、血压、呼吸频率降低等。低功率微波辐射作用于周围神经，可使神经肌肉的电兴奋性和生物电活性升高，能促进周围神经再生，可用于治疗面神经炎。
5、对呼吸系统的作用低功率微波辐射作用于支气管肺部，可使呼吸减慢，支气管通气量增加。对支气管肺部非特异性炎症患者治疗，能使肺动脉压降低，而肺动脉压升高是肺部非特异性炎症疾病病理机制发展的一个主要环节，故微波透热疗法是针对发病机制的疗法。
